處本部包含處長、副處長（2人）、總工程司、主任秘書、副總工程司（2人）、技正( 2人 )、正工程司、副工程司（2）、幫工程司（3）、工程員、辦事員、聘用規劃師 、聘用助理規劃師 （3人）及技工（1人）共22人。
本處各單位職掌（預算員額數）如下：
一、土木科（40人）：掌理土木、建築工程施工之現場監督、工事協調、工作進度管制、材料品管及工程品管取樣，以及工地安全衛生督核、變更設計處理等事項。
二、水電環控科（8人）：掌理機電系統之水電及環境控制工程施工、安裝之現場監督、工事協調、工作進度管制、材料品管及工程品管取樣，以及工地安全衛生督核、變更設計處理等事項。
三、工事科（8人）：掌理土木、建築、水電及環境控制等工程之發包訂約、廠商考核與管理及一般工事管理事項。
四、秘書室（35人）：掌理公共關係、文書、研考、事務、出納、印信典守，以及不屬其他各科之事項。
五、會計室（12人）：辦理歲計、會計，並兼辦統計事項。
六、人事室（8人）：辦理人事管理業務。
七、政風室（4人）：辦理政風業務。
八、土木第一工務所 （11人）：負責捷運環狀線CF640區段標(CF642、CF643B、CF643A子施工標結算驗收、IFUX07新增工程標召標及監造作業)、捷運環狀線CF641標保固、IFUA04標人行道更新改善工程、南港機廠聯開分構區管理維護等相關事項、南港線建物巡查。
九、土木第二工務所（10人）：負責捷運環狀線CF650區段標CF651B子標土建工程監造作業。
十、土木第三工務所（16人）：負責CZ207標臺北藝術中心興建工程保全業務、CZ207H標臺北藝術中心接續工程(第一標)業務、捷運萬大線CQ870區段標工程業務、內湖線及南港線建物詢查及人陳案相關業務、CB425C標南湖大橋旁文湖線高架橋增設隔音牆工程保固等事項。
十一、土木第四工務所（10人）：負責捷運環狀線CF650區段標、CF651A子施工標施工作業、CF640A公共藝術案、IFUX04標及IFUX05標人行道復舊、IFUX08標隔音牆案及捷運文湖線等相關業務。
十二、土木第五工務所（16人）：負責捷運萬大線CQ861標及CQ860區段標(CQ861A、CQ862、CQ863、CQ863A、CQ872土建子施工標)、環境監測IQZXU1標等相關業務。
十三、土木第六工務所（13人）：代辦新北市捷運環狀線CF660A區段標工程監造、契約執行等相關事項。
十四、土木第七工務所（8人）：負責 106W01標C1/D1土地開發委託專業服務顧問案/IATX11標改善工程/IATX10標（工地維護管理標）契約執行及界面協調業務，桃園國際機場線CA441F標A1車站土木/CA441H標建築裝修/CA450A標A1至A2路線段（潛盾隧道、高架、出土段、明挖覆蓋路線段工程）/IATX05/06/09標保固及界面協調業務。
十五、土木第八工務所（11人）：環狀線CF660B區段標工務管理業務及及新莊線CK570D/E標有關業務。
十六、土木第九工務所（7人）：捷運新莊線CK570J區段標新莊機廠工程相關業務。
十七、土木第十工務所（15人）：辦理淡水線雙連站(不含)以北至淡水站及土城線亞東醫院站(不含)至頂埔段間維管業務、天文館更新工程、北投增設出入口及忠孝新生站增設電梯工程、淡水信義線明德站新增出入口工程。代辦ITTX65施工標-北投奇岩長青樂活大樓新建工程、CKTX01CRVX01CGXX01CDTX01標-捷運新莊線新北市段/信義線/松山線/土城線延伸頂埔段永久鎖心及萬能鑰匙系統工程、世大運動會網球中心工程及賽後「主球場通風改善工程」及捷運淡水線施工標民權西路站滲水灌漿工程。
十八、材料試驗工務所（8人）：負責土建材試查證及委外試驗、品質管理系統維護及品保驗證等品質管理相關作業核定事項，捷運工程各施工標控制點及結構物檢測等相關事項。
十九、水電環控第一工務所（14人）：負責捷運環狀線CF640區段標CF614A標水環工程監造工作、CF650區段標CF614B標水環工程監造工作、捷運萬大線CQ860區段標CQ814C/F標水環工程監造業務及CZ207C標臺北藝術中心興建工程劇場專業設備工程施工管理、捷運環狀線DF111/DF112及萬大線DQ123細設標DDC施工中服務業務等相關業務。
二十、水電環控第二工務所（16人）：負責桃園機場線CA384標、土城線延伸頂埔段CD300F標、桃園機場捷運線CA384標「鄭州路地下街連通道」及臺鐵連通案之水電、環控工程、2017年臺北世界大學運動會之臺北市網球中心水電、環控工程業務、環狀線CF614C標工程、環狀線CF614D標工程、新莊線CK374A標工程、DK197 DDC水電環控施工中服務業務、DF113DDC水電環控施工中服務業務、捷運淡水線北投站增設出入口及忠孝新生站增設電梯改善工程水環工程業務、CZ208標天文科學教育館展示場改裝暨擴大特展區工程監造業務及新莊線CK374標解約後業務、萬大線CQ814D標工程監造業務、ITTX65標「北投奇岩長青樂活大樓新建工程」水環工程業務。臺北捷運系統初期路網車站出入口電梯\電扶梯中期改善DXI06標(IYZX01標\ IYZX02標)改善工程
