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本局隸屬於臺北市政府,為本府一級機關,置局長、副局長、總工程司、主任秘書,下設6處5室,另為工程施工需要,特設第一區工程處、第二區工程處及機電系統工程處,組織架構圖如下:

  捷運局_組織架構 開新視窗_局本部業務職掌  開新視窗_局本部業務職掌  開新視窗_局本部業務職掌  開新視窗_局本部業務職掌  開新視窗_綜規處業務職掌  開新視窗_土建處業務職掌  開新視窗_機設處業務職掌  開新視窗_工管處業務職掌  開新視窗_聯開處業務職掌  開新視窗_技術處業務職掌  開新視窗_資財室業務職掌  開新視窗_秘書室業務職掌  開新視窗_會計室業務職掌  開新視窗_人事室業務職掌  開新視窗_政風室業務職掌  開新視窗_第一區工程處業務職掌  開新視窗_第二區工程處業務職掌  開新視窗_機電系統工程處業務職掌

局本部包含局長、副局長、總工程司、副總工程司、主任秘書、專門委員、正工程司、秘書、幫工程司、工程員、課員、辦事員、助理員、技工、工友。本局各處(室)業務職掌(預算員額數)如下:

處(室)名稱業  務  職  掌
綜合規劃處

掌理捷運系統路網規劃、路線工程規劃、環境影響評估、用地規劃、用地取得及補償、其他運輸系統、營運規劃、都市計畫、交通維持計畫、公共設施之配合規劃、初履勘及財務計畫之研擬等事項。

土木建築設計處掌理有關工程之調查、測量、鑽探、路線、廠站、軌道等之土木、建築、景觀、水電環控、電梯、電扶梯等之規劃、設計、材料規格、施工規劃、施工計畫、概算編擬、價值工程及毗鄰捷運設施之建照會審等事項。
機電系統設計處掌理車輛設備、廠房設施、電力供需、號誌電訊之規劃、設計、採購、系統整合及概算編擬等事項。
工務管理處掌理工程之發包策略、契約規範、計畫管控、施工管理、工程預算及進度管控、工程採購監辦、安慰防災、風險管理、品質保證、品質稽查及材料試驗等事項。
聯合開發處掌理土地開發基地規劃及評選、效益評估、細部計畫、研訂開發計畫、建築設計、土地開發基金管理、權益分配、投資管理、公有不動產出售及其他經營管理等事項。
技術發展處掌理捷運技術知識管理、應用推廣、訓練發展、捷運圖書資料管理、資訊科技之運用、資訊系統之規劃、開發及資訊設備之管理維護等事項。
資產及財務管理室掌理捷運財務規劃、調度、管理、工程保險、理財管理、捷運固定資產重置基金管理、捷運系統建設基金管理、捷運資產管理、公有不動產出租及出納等事項。
秘書室掌理文書、檔案、總務、財產之管理與法制、公關、研考等業務及不屬於其他各單位事項。
會計室辦理歲計、會計及統計事項。
人事室辦理人事管理事項。
政風室辦理政風事項。
第一區工程處負責興建捷運系統萬大-中和-樹林線第一期工程(新北市段)、捷運環狀線北環段(不含機廠)及其先期工程、捷運初期路網IYZX02標車站出入口電扶梯電梯改善工程、臺北車站特定專用區C1/D1(東半街廓)土地開發案設計審查及施工督導、捷運營運路段(淡水線、文湖線、板南線、機場捷運線、新莊線及環狀線第一階段)禁限建範圍鄰近建物巡查。
第二區工程處負責萬大線第一期(LG01中正紀念堂站至LG06中和站(不含))、萬大線第二期(LG09站至LG21站)、信義線東延段、環狀線南環段(Y1站至Y6站(不含))、環狀線北機廠、捷運初期路網IYZX01標車站出入口電扶梯改善工程及營運路段(中永和線、新店線、新莊線市區段、南港線西段、板橋土城線、蘆洲線、信義線、松山線)禁限建範圍毗鄰建物施工巡查業務。
機電系統工程處負責本局各線工程之車輛、號誌、供電、通訊、電扶梯、自動收費系統、機廠設備。